წყაროებში პირველად მოიხსენიება XVI საუკუნის 60-იან წლებში. სახელწოდება "ზესტაფონი", გადმოცემის თანახმად, მომდინარეობს ზედა ფონისაგან (მდ. ყვირილაზე). XIX საუკუნის 20-იან წლებში აქ იყო კაზაკთა ჯარის პოსტი - ყვირილის პოსტი და ზესტაფონსაც ყვირილა დაერქვა. თბილისი-ფოთის რკინიგზის გაყვანის შემდეგ აქ ვაგზლის შენობა ააშენეს, იმატა მოსახლეობამ. ქალაქად გამოცხადდა 1926 წელს.

XX საუკუნის 20-იან წლებში მცირე ხნის მანძილზე ქალაქი ატარებდა რევოლუციონერ ჯუღელის სახელს და შემდეგ დაიბრუნა ისტორიული სახელწოდება. ზესტაფონის ზრდა დაკავშირებულია ფეროშენადნობთა ქარხანასთან. საწარმოს ამუშავებამ ქალაქი აქცია საქართველოს ერთ-ერთ ინდუსტრიალურ ცენტრად. დღესდღეობით ზესტაფონში ცხოვრობს 24 158 მცხოვრები^[3]